El Museo cuenta con un Laboratorio de Conservación de materiales arqueológicos. Las más de 85.000 piezas  arqueológicas que custodia la Universidad de Tarapacá, se encuentran registradas, depositadas y preservadas en condiciones estándares de conservación,  lo que permite  que sean estudiadas aportando al conocimiento  de las sociedades pasadas.

Se realizan también asesorías y peritajes a servicios policiales y aduaneros para el resguardo del patrimonio arqueológico e histórico.

 La conservación y preservación del patrimonio es tarea fundamental de todo museo, sin tales labores la colección pierde sentido y trascendencia. Por tanto, en nuestro Museo los objetivos y políticas de acción primordiales giran en torno a preservar y conservar el patrimonio arqueológico.

La misión final consiste en mantener y preservar para futuras generaciones de público general e investigadores esta enorme colección hallada en diversos lugares del extremo norte de Chile.

Los vestigios que forman la colección, presentan diferentes materialidades, ya que los artefactos y utensilios pueden estar constituidos de cerámica, madera, lana, piedra, metal, hueso, fibra vegetal, cuero, piel, restos humanos momificados naturalmente y artificialmente, etc.

La mayoría corresponde a objetos que se han preservado en excelente estado de conservación, por las condiciones climáticas (desérticas) de la zona, donde existe una ausencia total de lluvia y suelos salinos que han permitido la conservación de los materiales orgánicos. Aunque esta condición salina también a provocado importantes modificaciones en la estructura de los objetos, haciéndolos vulnerables a otros tipos de deterioro.

Destacan dentro de la colección del museo los cuerpos momificados artificialmente mas antiguos del mundo. Las momias chinchorro se constituyen, además del material orgánico propio de cualquier cuerpo humano momificado, de arcilla aglutinada y diversos materiales vegetales y animales. Algunos de estos materiales se ubican en el interior del cuerpo para darle consistencia, mientras que arcillas y pinturas cubren el exterior del cuerpo.

Dada su antigüedad, esta colección es frágil y vulnerable al deterioro. Su condición de únicas en el mundo nos ha impedido tener referentes que guíen su conservación, por lo que nuestro trabajo de preservarlas ha sido difícil. Este trabajo se constituye de la sistematización de experiencias frente a inminentes condiciones de degradación que permanentemente afectan esta colección. Con este accionar se ha logrado revertir ciertas situaciones de deterioro llegando a soluciones medianamente aceptables.

Esta línea de acción se alimenta de diferentes proyectos apoyado por diferentes instituciones, como son: el Fondo para el Desarrollo y las Artes (FONDART), Fundación Andes, y presupuesto de la propia Universidad de Tarapacá.

Secuencia fotográfica del proceso de restauración de pieza arqueológica, cerámica estilo Gentilar (1300 – 1500 aC.). Realización y fotografía: M. Santos